この世に邪悪がはびこる時、必ずや現れるという希望の闘士聖闘士（セイント）。その拳は空を切り裂き、蹴りは大地を砕くという。彼らは神話の時代より女神アテナに仕え、武器を嫌うアテナのために素手で敵と戦い、天空に輝く88の星座を守護としてそれを模した聖衣（クロス）と呼ばれる防具を纏う。6年もの厳しい修行を経てアテナの聖闘士となった少年星矢が、同じ境遇の仲間の聖闘士たちとともにこの世に蔓延する邪悪と戦う。天馬星座（ペガサス）の星矢、龍星座（ドラゴン）の紫龍、白鳥星座（キグナス）の氷河、アンドロメダ星座の瞬、鳳凰星座（フェニックス）の一輝、という5人の青銅聖闘士（ブロンズセイント）が全編を通じて物語の核となる。本編は主に聖域編（銀河戦争〜十二宮編）、海皇ポセイドン編、冥王ハーデス編（十二宮編、冥界編）の3つのストーリーに分けられる。テレビアニメ版では聖域編と海皇ポセイドン編の間にアスガルド編が入る。

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