ガマ星雲第58番惑星「ケロン星」から地球（地球外の全宇宙人の呼称はポコペン）の侵略を目的に軍隊が派遣された。その先発隊として隊長・ケロロ軍曹、機動歩兵・ギロロ伍長、暗殺兵・ゼロロ兵長（後にドロロと改名）、突撃兵・タママ二等兵、作戦通信参謀・クルル曹長の5人の兵士からなる宇宙侵攻軍特殊先行工作部隊・ケロロ小隊が地球に降り立った。しかし、地球に降り立つ際に5人は散り散りになってしまう。隊長であるケロロ軍曹は、はぐれてしまった仲間たちを探し出し小隊の立て直しを図るべく一軒の民家・日向家に潜伏するが、偶然にもそこに住むポコペン（地球）人の日向夏美とその弟冬樹に発見・あっさりと捕獲されてしまい、秘密裏に進めるはずだった地球侵略は失敗に終わる。本隊は彼ら先発隊の5人を残して撤退してしまった。こうして地球に取り残された5人のケロン人は、侵略するはずの相手と同居するという奇妙な生活を始めることとなる。最初、ケロロとギロロは日向家で、タママは西澤桃華の豪邸で、クルルは623の所で、ゼロロは東谷小雪と共に人里離れた山の小屋で、バラバラに暮らしていたが段々とケロロの元へ集結し遂に5人全員が揃う。そこにアンゴル族の少女・アンゴル＝モアまでもが日向家に居候し始め、日向家はますます大混乱。さらにへっぽこな日々が続く。彼らは捕虜（居候）に甘んじているように見えていたが、ケロロ達はまだ侵略を諦めた訳ではなく、地球人とケロン人との間での地球を巡る戦いもここに始まっていたのだった。wikiより

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第1話　我輩がケロロ軍曹／ケロロ大地に立つ

第2話　桃華＆タママ出撃！／桃華＆タママ　日向家上陸

第3話　ケロロ　危険臨界点突破／ケロロ　極秘任務開始

第4話　ギロロ　宇宙で最も危険な男／ケロロ　雨時々危険な男

第5話　おもちゃを愛する男達の歌

第6話　桃華　ラブラブ南海大作戦／桃華　ひゅ〜どろ南海大作戦

第7話　モア　はじめての地球破壊／タママVSモア　結果はタママの負け

第8話　ケロロ　侵略作戦絶好調!／ケロロ　間違いだらけの基地作り

第9話　夏美　恋の行く手に来るクルル／日向秋　ダイナマイトな女

第10話　決戦！第三大臼歯

第11話　ケロロ小隊 テレビに出演せよ！

第12話　すもも アイドルは宇宙をこえて／ギロロ　戦場のちいさな天使

第13話　ドロロ 忘れられた戦士／ドロロ＆小雪 友情は美しき哉

第14話　五人集結！　たぶん史上最大の作戦

第15話　桃華 裏桃華 降臨／裏桃華 裏切りの裏側

第16話　モア 裏モア 降臨！？／モア モアモア大パニック

第17話　ケロロVS夏美　水中大決戦！／冬樹　ようこそホラーワールドへ

第18話　夏美　爆笑！オトナの海岸物語

第19話　ケロロVS夏美 おまつり頂上決戦！／ケロロ　あなたのお耳に侵略ラジオ

第20話　冬樹　ミーツ・ア・ガァ〜ル／冬樹　ノントルマの使者

第21話　ケロロ　侵略も省エネでね／ケロロ　田舎にむけて突撃せよ！

第22話　タママ　今日からボクが隊長ですぅ

第23話　パニック！日向家の最も騒がしい一日

第24話　ケロロ　正義と貧乏の宇宙探偵／556　特撮就職最前線！

第25話　桃華　愛と青春と波乱の逃亡

第26話　ケロロ　一致団結！運動会を侵略せよ

第27話　ケロロ　父キタル父カエル／ケロロ　温泉GO！GO！GO！

第28話　ケロロ　雪合戦サバイバル／クルル　クックックのクッ

第29話　夏美＆小雪　舞台にかける青春／ケロロ　スクープはＮＧ！

第30話　タママ　ケロン星から来た少年／桃華　めざせナイスバディ

第31話　ケロロ　帰りたい 帰れない…

第32話　ケロロ　動物隊員大集合／ギロロ　ネコは言いたい

第33話　ケロロ小隊　アニメでペコポン侵略

第34話　桃華ＶＳ小雪　温泉争奪バトル／ケロロ＆冬樹　まったり行こっ

第35話　極秘！夏美のお誕生日大作戦

第36話　ケロロ　死闘！軍曹ＶＳ冬将軍／冬樹　そ〜なんですよ西澤さん

第37話　ドロロ　きたれ忍者教室へ／ケロロの恐竜

第38話　ギロロ　愛の機動歩兵／ギロロＶＳ夏美　めぐりあい…も

第39話　ケロロ　クリスマス大作戦／ケロロ　仕事納めの大掃除

第40話　モアていうか謹賀新年？／ケロロ　おせちもいいけど宿題もね

第41話　ケロロ　すごろく攻略戦／ドロロ　もーれつに熱血せよ

第42話　ケロロ　赤き血のケロロ小隊／タママ　友情の嫉妬シュート！

第43話　ギロロ　泣けない赤鬼／ギロロ　飛び出せ節分！

第44話　ケロロVS冬樹　スポーツで決闘／クルルVS秋　侵略ロボで爆闘

第45話　ケロロ　愛のいきなりだんご／夏美＆桃華　Ｖ作戦発動！

第46話　ケロロ　あなた忘れられていませんか？

第47話　夏美　ひなまつりを守れ／ケロロ　アフロでみゃおん

第48話　ケロロ小隊　春のうららの大作戦/冬樹　ダメダメハザード救出作戦

第49話　クルル　宇宙でうまくやる方法／桃華　Ｗ-デイ頂上作戦

第50話　夏美　高熱の地球戦士／ギロロ　俺がやらねば誰がやる

第51話　ケロロ小隊撤退！さらばペコポンよ

第52話　ケロロ　再び大地に立つ！／タママ　黒いタママ

第53話　ケロロ　お宝侵略大作戦！／アンゴル・モア　花見でモアモア〜

第54話　冬樹　名探偵は僕？／ドロロ　復活の戦士

第55話　ギロロ　蘇ったソルジャー／冬樹　およげこいのぼり！

第56話　夏美＆小雪　テニスのプリンセス／ケロロ　侵略日和のさつき晴れ

第57話　ドロロ　逆襲するは我にあり／巨大カエル対南海の大怪獣

第58話　ケロロ　自販機で侵略せよ／タママ覚醒！新必殺技

第59話　ケロロ　育てよ城！／ケロロの、動く城！

第60話　ケロロ　ケロケロマシン猛レース／モア　眠り姫ってゆーか安眠希望？

第61話　冬樹　謎の転校少女にナニが起こったか？／夏美＆サブロー　戻れないフ・タ・リ

第62話　桃華＆夏美＆モア　怪盗モアピーチサマー／ケロロ　必勝！水中大決戦

第63話　ケロロ　教師ゲロゲロ物語！／ケロロ　再会、父よ

第64話　ケロロ　吸うなら吸え！ウソやっぱやめて／ドロロ　トラウマからの脱出

第65話　ケロロ　ペコポンにほえろ！／タママ　ケロン星からの訪問者

第66話　ギロロ　愛の救出大作戦／夏美＆小雪　ドッキドッキ初デート

第67話　冬樹＆桃華　ひみつのミステリーデート／ケロロ　なあ、ゲームを作ろうじゃないか

第68話　ケロロ　大改造！リフォームは劇的に／ドロロ　いざまいる！宿命の対決

第69話　夏美と冬樹の神隠し／ケロロ　恒例！真夏のお笑いバトル

第70話　ケロン人VSペコポン人　ついに全面対決か!?／小雪　ドッキドッキ初おむすび

第71話　極悪！迷惑！宇宙宿題忘れ王伝説

第72話　ケロロ　鉄人シェフの挑戦状／タママ　最強戦士の挑戦状ですぅ

第73話　冬樹　198X・僕たちの夏休み

第74話　あっと驚く〜特別企画　ゲロゲロ30分

第75話　桃華覚醒！三番目の桃華

第76話　ケロロ小隊　私を月へ連れてって

第77話　タママ　結婚するって本当ですか／タママ　封印タママインパクト

第78話　ケロロ　宝さがしはやっぱ宝島だよね

第79話　冬樹　運動会はあきらめない／ギロロ　猫は知ってる

第80話　ケロロ　いや〜家出ってホント寂しいもんですね

第81話　ギロロ　真っ赤なド根性の日々／戦え小雪！大切な人を守るために

第82話　623　僕のラジオにでない？／ケロロVS夏美　1/6ガチンコバトル！

第83話　ケロロ　温泉混浴露天風呂殺人事件　湯煙にさすらう宇宙一不幸な兄妹の魂
兄が作ったカラーボックス温泉　いざ入ろうとすれば片足しか入んなくて、
ショックで足を滑らせた兄が気絶するとき、湯の花に妹の涙が舞い落ちる／クルル　とことん嫌なヤツ

第84話　桃華　ちょっと宇宙でランチでも／ケロロ　松茸を狩れ！

第85話　ケロロ　ガシャッとまわせばいれかわり／夏美　魔法少女になれたら…

第86話　冬樹＆夏美　悪魔のすむ日向家／ケロロ　なれ！スーパーヒーローに

第87話　ケロロ　祝え！ハッピーバースデイ／モア　不思議の国のモア

第88話　ダソヌ☆マソ　ペコポンはもらった！　ブッチャ毛ほしくもないけどね

第89話　ギロロ　七つの顔の男だぜ／冬樹　盛り上がれ！オカルト大会

第90話　ケロロ　メリークリスマスが言えなくて

第91話　ケロロ　新年・新生ケロロ誕生／小雪　おばあちゃんがやって来た

第92話　ケロロ小隊　大空より愛をこめて／桃華対モア　激突はねつきバトル

第93話　夏美　侵入！秘密基地／日向秋　たぶん宇宙最強の女

第94話　カララ＆タルル　ペコポンをもらっちゃおう！

第95話　夏美　ギロロ散る？　決死の救出作戦

第96話　モアピーチサマースノー　決戦バレンタイン／ケロロ　世にも不幸な物語

第97話　桃華　強敵と書いて“とも”と読む／ケロロ＆冬樹　ふたりで…

第98話　桃華　駆け落ち大作戦／ドロロ＆小雪　出会いの記憶

第99話　夏美　名犬ナッチー／ケロロ　わんぱくケロッパー

第100話　ケロロ　え？我が輩…誰？みんな…誰？

第101話　ケロロ小隊　ペコポンが静止する日!?

第102話　ケロロ小隊　ペコポン!!滅び行くか愛の星よ!!

第103話　ケロロ小隊　まごころを君に