地球人類が外宇宙へ移民を開始して50年経過した遠い未来、地球人は2年前から移民を行っていたアンドロメダ星雲の植民星A-7・ソロ星で、第6文明人の遺跡である巨大人型メカ「イデオン」を発掘する。その時、伝説の無限エネルギー「イデ」の探索に「ロゴ・ダウ」（＝ソロ星）を訪れた異星人バッフ・クランと接触。そして、無思慮な行動で本隊より離れたバッフ・クランの貴人カララ・アジバを捜索に出た下級兵士の発砲と、両者の疑心暗鬼により武力衝突へと発展する。主人公ユウキ・コスモらは戦いを終結するべく「戦意は無い」ことを示すために白旗を上げるが、バッフ・クラン社会でのそれは「お前らを地上から抹殺する」という逆の意味だったため、事態はさらに悪化することとなる。地球人たちはイデオンで応戦しつつ、同じく発掘された宇宙船ソロ・シップに乗り込み宇宙へ逃れる。だが、その遺跡にこそバッフ・クランの探し求める無限力「イデ」が秘められており、カララを乗せたソロ・シップの脱出により、事態は局地紛争から星間戦争へ進展してしまう。安息を求めソロ・シップは地球人側の移民星に逃げ込むが、バッフ・クランは執拗な追跡の手を休めない。道中に様々な人間模様が繰り広げられ、艦内に不和を抱えたまま宇宙を逃走し続けるが、次第にイデオンとソロ・シップに異変が起こり始める。WIKIより

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第1話　復活のイデオン

第2話　ニューロピア炎上

第3話　激震の大地

第4話　ソロ星脱出せよ

第5話　無限力（むげんちから）・イデ伝説

第6話　裏切りの白い旗

第7話　亜空間脱走

第8話　対決・大砂塵

第9話　燃える亜空間

第10話　奇襲・バジン作戦

第11話　追撃・遺跡の星

第12話　白刃の敵中突破

第13話　異星人を撃て(リンク切れ)

第14話　撃破・ドク戦法

第15話　イデオン奪回作戦

第16話　必殺のダミド戦法

第17話　激闘・猿人の星

第18話　アジアンの裏切り

第19話　ギャムス特攻指令

第20話　迫撃・双子の悪魔