宇宙世紀0088年、グリプス戦役でティターンズは壊滅しエゥーゴも勢力が衰退。漁夫の利を得たジオン残党アクシズが地球圏の制覇に乗り出す。グリプス戦役で傷ついたエゥーゴの戦艦アーガマは、サイド1のシャングリラ・コロニーに寄港した。そこでジャンク屋稼業をしている主人公ジュドー・アーシタとその仲間たちが、Ζガンダムを奪って一儲けしようと企んだことから、アーガマと関わり合いをもち、これに敵対するネオ・ジオン（アクシズ）の戦艦エンドラとの戦闘に巻き込まれる。wikiより

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第1話　プレリュードΖΖ

第2話　シャングリラの少年

第3話　エンドラの騎士

第4話　熱血のマシュマー

第5話　ジュドーの決意

第6話　ズサの脅威

第7話　ガザの嵐

第8話　鎮魂の鐘は二度鳴る

第9話　宇宙のジュドー

第10話　さよならファ

第11話　始動! ダブル・ゼータ

第12話　リィナが消えた

第13話　妹よ!

第14話　幻のコロニー（前）

第15話　幻のコロニー（後）

第16話　アーガマの白兵戦

第17話　奪回! コア・トップ

第18話　ハマーンの黒い影

第19話　プルとアクシズと

第20話　泣き虫セシリア（前）

第21話　泣き虫セシリア（後）

第22話　ジュドー、出撃!!

第23話　燃える地球

第24話　南海に咲く兄妹愛

第25話　ロンメルの顔

第26話　マサイの心

第27話　リィナの血（前）

第28話　リィナの血（後）

第29話　ルーの逃亡

第30話　青の部隊（前）

第31話　青の部隊（後）

第32話　塩の湖を越えて

第33話　ダブリンの午後

第34話　カミーユの声

第35話　落ちてきた空

第36話　重力下のプルツー

第37話　ネェル・アーガマ

第38話　鉄壁,ジャムル・フィン

第39話　サラサ再臨

第40話　タイガーバウムの夢

第41話　ラサラの命

第42話　コア3の少女（前）

第43話　コア3の少女（後）

第44話　エマリー散華

第45話　アクシズの戦闘

第46話　バイブレーション

第47話　戦士,再び……